Die Finanzkontrolle des Kantons ist (wie die Ombudsstelle und die Datenschutzstelle) dem Grossen Rat angegliedert. Sie gewährleistet die unabhängige Aufsicht über die Haushaltsführung des Kantons und unterstützt damit den Grossen Rat bei der Oberaufsicht über Regierung, Verwaltung und Gerichte.

Die Finanzkontrolle erstattet der Finanzkommission und der Geschäftsprüfungskommission zuhanden des Grossen Rates, dem Regierungsrat und dem Appellationsgericht jährlich einen Tätigkeitsbericht. Die Finanzkommission, die Geschäftsprüfungskommission sowie Parlamentarische Untersuchungskommissionen (PUK) können der Finanzkontrolle besondere Prüfungsaufträge erteilen und sie als beratendes Organ in Fragen der Finanzaufsicht beiziehen.

Die Finanzkontrolle ist fachlich unabhängig und selbstständig. Der Leiter bzw. die Leiterin der Finanzkontrolle wird vom Grossen Rat jeweils für sechs Jahre gewählt.

Eine gute Übersicht über das Funktionieren der Finanzaufsicht gibt das Gutachten betr. Finanzaufsicht im Kanton Basel-Stadt von 2016.